锆元素拥有五种稳定同位素，其中部分可用于生产放射性同位素。虽然放射性同位素锆-95属于核裂变产物，但也可通过锆-94的中子辐照制得。锆-96曾用于生产放射性同位素锆-97；锆-90则可用于制备正电子发射断层扫描（PET）同位素铌-90。此外，锆-90已被提议用作核燃料包壳材料——与当前使用天然锆制成的燃料包壳相比，采用锆-90能将本已极低的中子吸收截面进一步降低。