硒同位素主要用于生产医疗和工业用途的放射性同位素。硒-77和硒-78可用于制备治疗用放射性同位素溴-77；硒-80用于生产医疗放射性同位素溴-80m；硒-74可转化为硒-75，作为伽马射线照相术的放射源；硒-76能用于制备医用同位素溴-75与溴-76；硒-82则被应用于双贝塔衰变研究。此外，多数硒同位素还被用于探索硒作为必需营养元素的作用机制。